Huonosti suunnitellut suorituskyvyn seurantajärjestelmät voivat estää TQM:n tehokkaan implementoinnin sekä haitata jatkuvan parantamisen mallin soveltamista käytäntöön. Tällöin yrityksen joustavuus ja kyky vastata nopealla vauhdilla muuttuvan kilpailuympäristön vaatimuksiin voivat heiketä huomattavasti. (Sinclair & Zairi 1995.) Haasteita mittariston suunnittelijoille ja ylläpitäjille aiheuttavat muun muassa seuraavat tekijät, joiden vaikutus täytyy aina arvioida tapaus- ja mittarikohtaisesti (Laamanen 2005, 28-34):
Suorituskykyä mitatessa on muistettava, että yritys pohjimmiltaan koostuu ihmisistä ja mittaamisella on heihin voimakkaasti ohjaavia, psykologisia vaikutuksia. Mittarit on suunniteltava siten, etteivät työntekijät koe olevansa henkilökohtaisen arvioinnin tai liian tarkan seurannan kohteena. Toisaalta on myös varauduttava tilanteeseen, jossa esimerkiksi esimies käyttää mitattuja tuloksia väärin painostaessaan henkilöstöä tehokkaampaan suoritukseen valtuuttamisen ja kannustamisen sijasta. (Andersen & Fagerhaug 12, 2002.)
Jos mittaristoa käytetään palkitsemiseen, voidaan kannustinjärjestelmä suunnitella yhdessä henkilöstön kanssa, jolloin saadaan selkeä kuva eri motivointitekijöistä. Palkkio voi olla esimerkiksi työn vaativuuteen perustuva, tulos- tai provisiopalkkio, tiimipalkkio, räätälöity etu, aloitepalkkio tai muu tunnustus, tärkeää on kuitenkin sitoa se oikein toimintaa ohjaavaan mittariin, sillä palkkioilla on voimakas vaikutus ihmisten käytännön toimintaan. (Laamanen 185, 2005.) Hyvä esimerkki väärään mittariin sidotusta kannustimesta tulee valmistavasta teollisuudesta: tuottavuuspalkkioita alettiin maksaa tuotantomäärien perusteella, mikä aiheutti tuotteiden laadun romahtamisen henkilöstön pyrkiessä yhä suurempiin eriin entistä lyhyemmässä ajassa. Parempi mittari olisi ollut vaikkapa vuorokohtaiset nollavirhepalkkiot. (Robson 2004.) Sinclair ja Zairi (1995) painottavat tutkimuksessaan kokonaisvaltaisen laatujohtamisen tavoitteiden yhtenäisyyttä asetettuihin mittareihin. Jos keskijohdolle annetut ja mittarein seurattavat tavoitteet eivät täsmää yrityksen yleisten laatutavoitteiden kanssa, voivat nämä lyhyemmän aikavälin tavoitteet ohittaa jatkuvan parantamisen. Käytännössä tämä päätös siirtyy työntekijöille, jotka mitä todennäköisimmin valitsevat lyhyemmän aikavälin tavoitteet niistä saatavan selkeämmän henkilökohtaisen hyödyn vuoksi. Tästä syystä tavoitteiden kattava keskinäinen linjaus on tärkeää.
Usein mittaamisesta voi tulla päätarkoitus, ja vaikka johtotasolla toimintaa ohjattaisiinkin mittaritiedon avulla, tuloksista tiedottaminen koko työyhteisölle unohtuu. Jos henkilöstö ei saa prosessien suorituskyvystä ajantasaista palautetta, riskinä on mittaamis- ja kehittämisinnon laantuminen ja pahimmillaan koko mittariston hylkääminen tehottomana. Tietoa on välitettävä vuorovaikutteisesti ja mittaristoa on tarvittaessa kehitettävä, jotta se palvelee tarkoitustaan kokonaisvaltaisen parantamisen apuvälineenä. (Andersen & Fagerhaug 12-13, 2002.) Tähän liittyen on selkeästi sovittava, mitä tehdään, kun mittari saavuttaa esimerkiksi tavoiterajan tai alittaa asetetun suorituskyvyn alarajan. Mittaristo voidaan sitoa yrityksen laatujärjestelmään ja esimerkiksi rajan alittuessa käynnistyy PDCA-sykliin perustuva hallittu korjaava toimenpide, jossa sovelletaan sopivia laatutyökaluja ongelman korjaamiseksi.
Toimenpidesuunnitelman kokoamisen lisäksi on nimettävä vastuuhenkilö huolehtimaan seurannasta ja jatkotoimenpiteistä. On suositeltavaa nimittää sama henkilö sekä seuraamaan tunnuslukuja että tekemään näiden perusteella tarvittavat muutokset, sillä silloin motivoituminen ja sitoutuminen tehtävään ovat syvempiä kuin "tarkastaja-työntekijä"-suhteessa (Robson 2004). Prosessimittarin ollessa kyseessä prosessinomistaja on luonnollinen valinta tehtävään, mutta jos yrityksessä on useita mittareita operationaalisella tasolla, on selkeämpää nimetä ja kouluttaa niille omat vastuuhenkilöt tai muodostaa osaprosesseista vastaavia tiimejä (Prosessien suorituskyvyn mittauksesta 1999).
Mittariston tehokkuuden katselmointi voidaan esimerkiksi kytkeä osaksi yrityksen jatkuvan kehittämisen prosessia, jolloin varmistutaan siitä, että vanhat mittarit poistetaan ajoissa ja korvataan ajankohtaisilla tunnusluvuilla. Vanhojen mittarien poistolla ehkäistään mittareiden kasaantumisongelma, jolloin mittareita on liikaa, eikä niiden tuottamaa tietoa enää pystytä tehokkaasti hyödyntämään. Näiden ylimääräisten mittareiden tuottaman datan keräys ja tulosten raportointi myös syövät turhaan yrityksen resursseja. (Kennerley & Neely 2002.) Jos mittaristoa ei asianmukaisesti ylläpidetä tai sen tarjoamaa tietoa ei käytetä yrityksen toiminnan tehostamiseen, on se kokonaan poistettava sitomasta resursseja (Robson 2004).