Niin kokonaisvaltaisessa laatujohtamisessa kuin ISO 9000 -standardisarjassa korostetaan prosessimaista johtamistapaa (Business Process Management, BPM). Prosesseihin perustuva rakenne olikin vuonna 2000 yksi standardisarjan tärkeimmistä muutoksista toiminnan järjestelmällisen seurannan, mittaamisen ja analysoinnin lisäksi (Kivelä 25.9.2006). Prosessijohtaminen voidaan määritellä seuraavasti:
Asiakaskeskeinen lähestymistapa systemaattiseen johtamiseen, mittaamiseen ja kehittämiseen kaikissa yrityksen prosesseissa tiimityötä ja henkilöstön valtuuttamista apukeinoina käyttäen (Lee & Dale 1998).
Yritysten rakennetta on perinteisesti hahmotettu funktionaalisesti eli osastoista muodostuvan organisaatiomallin kautta. Perustan tälle mallille on antanut taylorismi, jossa toiminnan osittamisen ajateltiin parantavan työn ohjattavuutta ja tuottavuutta. Vaikka funktionaalinen toiminta määrittelee selkeästi vastuut ja valtuudet, mahdollistaa yksilöllisen ammattitaidon kehittämisen osastoittain ja helpottaa tavoitteiden asettamista ja valvontaa, ei se enää sellaisenaan riitä ylläpitämään yrityksen kilpailukykyä joustavuutta vaativilla markkinoilla. Jos toimintaa tarkastellaan vain funktioiden näkökulmasta, on hankalaa nähdä, mistä lisäarvo todella muodostuu, mitkä ovat asiakkaan tarpeet ja miten ne tulisi huomioida osastojen toiminnassa. (Laamanen 2002, 15.)
Tätä puoltaa myös Ingrid Bonnin tutkimus Developing Strategic Thinking as a Core Competency (2001), joka painottaa prosessiajattelun tärkeyttä strategisessa suunnittelussa. Strategisen suunnittelun eräs tarkoitus on muuntaa asiakkaiden ja muiden sidosryhmien tarpeet operationaaliseksi toiminnaksi (Andersen & Fagerhaug 2002, 21). Jos johto tarkastelee toimintaa osastoittain keskittyen tapahtumiin ja toimintoihin, strategisessa ajattelussa tarvittavan yrityksen kokonaiskuvan toimintaympäristöineen hahmottaminen voi estyä (Bonn 2001). Toisaalta prosessijohtamiseen siirtyminen edesauttaa myös vision toteutumista päivittäisessä toiminnassa prosessien ja niiden mittareiden ollessa asetetut tukemaan strategisten tavoitteiden saavuttamista (Andersen & Fagerhaug 2002, 22).
Kuvassa punaisilla nuolilla kuvataan painopiste-eroja siten, että siinä missä prosessijohtamisessa toiminnot nähdään horisontaalisina osastoja halkovina ketjuina kohti asiakasta, perinteisessä mallissa toimintaa seurataan hierarkkisesti osastoittain asiakkaan ollessa irrallinen tekijä. Tällöin esimerkiksi tuotannon henkilöstön on vaikeaa hahmottaa, kuka todellinen asiakas on, ja työtä tehdään vain lähimmälle esimiehelle ilman kokonaiskuvaa omasta asemasta yrityksen menestyksen tekijänä.
Funktiojohtamisesta voi aiheutua myös muita toimintaa haittaavia tekijöitä, kuten toiminnan yleinen hitaus johtuen liiasta byrokratiasta, rajapintaongelmat, jotka esiintyvät yleensä informaatio-ongelmina, joustamattomuutena ja oman osaston toimintaan keskittymisenä, sekä väärä tavoitteenasetanta, jolloin keskitytään vain osastokohtaisen tehokkuuden seuraamiseen ja parantamiseen (Laamanen 2002, 16-17).
Varsinkin kahdessa viimeksi mainitussa suurimpana ongelmana on se, ettei nähdä kokonaisuutta, vaan keskitytään optimoimaan vain yksittäisten osastojen toimintaa (Laamanen 2002, 16-17). Juuri tähän liittyvät Demingin kehotukset raja-aitojen poistamisesta. Kommunikaation toimiessa suoraan kaikkien yrityksen toimintojen ja tasojen välillä voidaan keskittyä yrityksen strategisten tavoitteiden saavuttamiseen ilman haitallista osastokilpailua (Kivelä 25.9.2006)